两者的形状不同，生蚝的个头明显更大，牡蛎个头小。生蚝的外壳比牡蛎更光滑，摸上去更舒服，而且生蚝的肉紧紧贴着外壳，肉比较肥厚鲜嫩，牡蛎肉少，口感没有生蚝好。生蚝的营养价值比牡蛎高很多，比如锌含量，生蚝比牡蛎高好几倍。
牡蛎和生蚝是两种完全不同的东西，虽然很多时候和很多地方也把“生蚝”称为牡蛎，或者严格地说，生蚝属于牡蛎的一种。牡蛎，软体动物，有两个贝壳，一个小而平，另一个大而隆起，呈类三角形，背腹缘呈八字形，右壳外面淡黄色，具疏松的同心鳞片,鳞片起伏成波浪状，内面白色。壳的表面凹凸不平。
生蚝为牡蛎科动物牡蛎及其近缘动物的全体，是海产贝壳。亚热带、热带沿海都适宜蚝的养殖，我国分布很广，北起鸭绿江，南至海南岛，沿海皆可产蚝。蚝乃软体有壳，依附寄生的动物，咸淡水交界所产尤为肥美。
牡蛎还有几个名字是，海蛎子，牡蛎的品种有多种多样，因为它们生活在多种多样的海水里面，由于不同的海水，所以造就了不同种类的牡蛎。
